|
|
Izolace DNA z probiotických výrobků s využitím pevných nosičů
Bonczek, Ondřej ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mikrobiální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk rodu Lactobacillus a z probiotických výrobků. Bylo využito reverzibilní adsorpce DNA na neporézní magnetické částice poly(2-hydroxyethyl methacrylát-co-glycidyl methacrylát) - P(HEMA-co-GMA) pokryté karboxylovými skupinami a nanočástice manganatého Perovskitu, pokrytého silikagelem. DNA byla adsorbována na povrch částic v prostředí 16% PEG 6000 a 2M NaCl. Adsorbovaná DNA byla z částic uvolněna v nízkoiontovém TE pufru (pH= 8,0). Kvalita a koncentrace izolované DNA byla ověřena spektrofotometricky a amplifikací v PCR. Vzorky DNA izolované magnetickými částicemi a metodou fenolové extrakce (kontrola) byly amplifikovány v PCR. DNA izolovaná z hrubých lyzátů buněk probiotických výrobků byla kvantifikována s využitím kvantitativní PCR v reálném čase.
|
|
|
Detekce extracelulárních mikroRNA v mateřské cirkulaci - diagnostika a prognostika těhotenských komplikací
Ondráčková, Markéta ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA o délce 18 až 25 nukleotidů, které posttranskripčně regulují genovou expresi. Exprese některých miRNA je tkáňově specifická. Vycházela jsem z předpokladu, že těhotenské komplikace související s placentární insuficiencí by mohly být charakterizovány unikátním profilem placentárně specifických miRNA v mateřské cirkulaci. Koncentraci a genovou expresi vybraných extracelulárních miRNA (miR-516-5p, miR-517*, miR-518b, miR-520a*, miR-520h, miR-525, miR-526a) jsem měřila v plazmě pacientek s preeklampsií (PE), fetální růstovou retardací (FGR) a gestační hypertenzí (GH). Kontrolní skupinu tvořily pacientky s fyziologickým průběhem gravidity (FG). Celkem jsem zpracovala 168 vzorků plazmy, zastoupení jednotlivých diagnóz bylo následující: PE 63, FGR 27, GH 23, FG 55. Detekce a kvantifikace probíhala metodou kvantitativní PCR v reálném čase. Identifikovala jsem tři miRNA, které se u pacientek s PE nacházely ve zvýšených hladinách. Jednalo se o miR-517*, miR-520a* a miR-525. Závažnost onemocnění, která byla charakterizována formou onemocnění (mírná nebo závažná PE) a termínem porodu (před nebo po 34. týdnu gravidity), neměla na hladiny miRNA statisticky významný vliv. U více než čtvrtiny pacientek se jednalo o PE superponovanou na předchozí hypertenzi, předchozí výskyt...
|
|
|
Leukemie s fusním genem BCR/ABL.
Hovorková, Lenka ; Zuna, Jan (vedoucí práce) ; Zemanová, Karla (oponent)
Philadelphský (Ph) chromozom je chromozomální aberací, která je nejčastěji spojována s chronickou myeloidní (CML) a akutní lymfoblastickou (ALL) leukémií. Zlomy vedoucí ke vzniku této reciproké translokace vznikají v dlouhých intronových oblastech genů BCR a ABL. Nově vzniklé přechodové oblasti jsou u každého pacienta jedinečné a otevírají tak možnost pro detekci minimální reziduální nemoci (MRN). MRN by měla přinášet informaci o množství leukemických buněk v organismu v průběhu léčby, je důležitým prognostickým faktorem a má vliv na intenzitu léčby. V současné době jsou k tomuto monitoringu využívány dvě standardizované metody. Jsou jimi detekce klonálních přestaveb genů pro Imunoglobuliny a/nebo T-buněčné receptory na genomické úrovni a detekce fúzního genu BCR/ABL na mRNA úrovni. První ze zmíněných metod není v praxi využitelná pro CML pacienty, kteří mají primárně postižené myeloidní buňky, které imunoreceptorové geny nepřestavují. Naším cílem bylo optimalizovat a standardizovat metodu hledání BCR/ABL zlomů na genomické úrovni a využít těchto přechodových sekvencí ke stanovení MRN. Podařilo se nám nalézt přechodovou sekvenci v 80 % případů. Při srovnání hodnot naměřených námi zavedenou metodou s hodnotami získanými standardně byla nalezena perfektní korelace pouze u 1 pacienta. U zbylých 14 pacientů...
|
|
|
Expresní profil kardiovaskulárních microRNA u těhotenství s klinickou manifestací gestační hypertenze, preeklampsie a fetální růstové retardace
Bohatá, Jana ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
MicroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující 21-23 nukleotidů dlouhé jednořetězcové RNA. Patří mezi významné posttranskripční regulátory genové exprese, které regulují jak fyziologické, tak patologické procesy. Některé microRNA, resp. výše jejich exprese, jsou specifické pouze pro určitý typ tkáně nebo pro patologický stav. Předpokladem mé diplomové práce bylo, že genová exprese vybraných 28 kardiovaskulárních microRNA (miR-1-3p, miR-16-5p, miR-17-5p, miR-20a-5p, miR- 20b-5p, miR-21-5p, miR-23a-3p, miR-24-3p, miR-26a-5p, miR-29a-3p, miR-92a-3p, miR-100-5p, miR-103a-3p, miR-125b-5p, miR-126-3p, miR-130b-3p, miR-133a-3p, miR-143-3p, miR-145-5p, miR-146a-5p, miR-181-5p, miR-195-5p, miR-199a-5p, miR- 210-3p, miR-221-3p, miR-342-3p, miR-499a-5p, miR-574-3p) se liší v pupečníkové krvi těhotných žen s fyziologickým průběhem gravidity (FG), gestační hypertenzí (GH), preeklampsií (PE) a fetální růstovou retardací (FGR). Soubor pacientek čítal 184 těhotných žen, z toho 44 kontrol, 47 s diagnózou GH, 56 s diagnózou PE a 37 s diagnózou FGR. Relativní kvantifikace microRNA byla provedena metodou kvantitativní PCR v reálném čase. Výsledky ukázaly trend k down-regulaci miR-195-5p v pupečníkové krvi pacientek s GH. Dále trend k up-regulaci miR-92a-3p u pacietek s mírnou formou preeklampsie. Oproti tomu pacientky se...
|
|
|
Leukemie s fusním genem BCR/ABL.
Hovorková, Lenka ; Zuna, Jan (vedoucí práce) ; Zemanová, Karla (oponent)
Philadelphský (Ph) chromozom je chromozomální aberací, která je nejčastěji spojována s chronickou myeloidní (CML) a akutní lymfoblastickou (ALL) leukémií. Zlomy vedoucí ke vzniku této reciproké translokace vznikají v dlouhých intronových oblastech genů BCR a ABL. Nově vzniklé přechodové oblasti jsou u každého pacienta jedinečné a otevírají tak možnost pro detekci minimální reziduální nemoci (MRN). MRN by měla přinášet informaci o množství leukemických buněk v organismu v průběhu léčby, je důležitým prognostickým faktorem a má vliv na intenzitu léčby. V současné době jsou k tomuto monitoringu využívány dvě standardizované metody. Jsou jimi detekce klonálních přestaveb genů pro Imunoglobuliny a/nebo T-buněčné receptory na genomické úrovni a detekce fúzního genu BCR/ABL na mRNA úrovni. První ze zmíněných metod není v praxi využitelná pro CML pacienty, kteří mají primárně postižené myeloidní buňky, které imunoreceptorové geny nepřestavují. Naším cílem bylo optimalizovat a standardizovat metodu hledání BCR/ABL zlomů na genomické úrovni a využít těchto přechodových sekvencí ke stanovení MRN. Podařilo se nám nalézt přechodovou sekvenci v 80 % případů. Při srovnání hodnot naměřených námi zavedenou metodou s hodnotami získanými standardně byla nalezena perfektní korelace pouze u 1 pacienta. U zbylých 14 pacientů...
|
|
|
Detekce extracelulárních mikroRNA v mateřské cirkulaci - diagnostika a prognostika těhotenských komplikací
Ondráčková, Markéta ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA o délce 18 až 25 nukleotidů, které posttranskripčně regulují genovou expresi. Exprese některých miRNA je tkáňově specifická. Vycházela jsem z předpokladu, že těhotenské komplikace související s placentární insuficiencí by mohly být charakterizovány unikátním profilem placentárně specifických miRNA v mateřské cirkulaci. Koncentraci a genovou expresi vybraných extracelulárních miRNA (miR-516-5p, miR-517*, miR-518b, miR-520a*, miR-520h, miR-525, miR-526a) jsem měřila v plazmě pacientek s preeklampsií (PE), fetální růstovou retardací (FGR) a gestační hypertenzí (GH). Kontrolní skupinu tvořily pacientky s fyziologickým průběhem gravidity (FG). Celkem jsem zpracovala 168 vzorků plazmy, zastoupení jednotlivých diagnóz bylo následující: PE 63, FGR 27, GH 23, FG 55. Detekce a kvantifikace probíhala metodou kvantitativní PCR v reálném čase. Identifikovala jsem tři miRNA, které se u pacientek s PE nacházely ve zvýšených hladinách. Jednalo se o miR-517*, miR-520a* a miR-525. Závažnost onemocnění, která byla charakterizována formou onemocnění (mírná nebo závažná PE) a termínem porodu (před nebo po 34. týdnu gravidity), neměla na hladiny miRNA statisticky významný vliv. U více než čtvrtiny pacientek se jednalo o PE superponovanou na předchozí hypertenzi, předchozí výskyt...
|
|
|
Izolace DNA z probiotických výrobků s využitím pevných nosičů
Bonczek, Ondřej ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mikrobiální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk rodu Lactobacillus a z probiotických výrobků. Bylo využito reverzibilní adsorpce DNA na neporézní magnetické částice poly(2-hydroxyethyl methacrylát-co-glycidyl methacrylát) - P(HEMA-co-GMA) pokryté karboxylovými skupinami a nanočástice manganatého Perovskitu, pokrytého silikagelem. DNA byla adsorbována na povrch částic v prostředí 16% PEG 6000 a 2M NaCl. Adsorbovaná DNA byla z částic uvolněna v nízkoiontovém TE pufru (pH= 8,0). Kvalita a koncentrace izolované DNA byla ověřena spektrofotometricky a amplifikací v PCR. Vzorky DNA izolované magnetickými částicemi a metodou fenolové extrakce (kontrola) byly amplifikovány v PCR. DNA izolovaná z hrubých lyzátů buněk probiotických výrobků byla kvantifikována s využitím kvantitativní PCR v reálném čase.
|
host ::
RSS.